perl-Bio-Phylo-2.0.1-2.mga7.noarch.rpm


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Description

perl-Bio-Phylo - Analysis and manipulation of phylogenies

Property Value
Distribution Mageia 7
Repository Mageia Core i586
Package filename perl-Bio-Phylo-2.0.1-2.mga7.noarch.rpm
Package name perl-Bio-Phylo
Package version 2.0.1
Package release 2.mga7
Package architecture noarch
Package type rpm
Category Development/Perl
Homepage http://search.cpan.org/dist/Bio-Phylo
License GPL+ or Artistic
Maintainer -
Download size 508.84 KB
Installed size 1.71 MB
This is the base class for the Bio::Phylo package for phylogenetic analysis
using object-oriented perl5. In this file, methods are defined that are
performed by other objects in the Bio::Phylo release that inherit from this
base class (which you normally wouldn't use directly).
For general information on how to use Bio::Phylo, consult the manual (the
Bio::Phylo::Manual manpage).
If you come here because you are trying to debug a problem you run into in
using Bio::Phylo, you may be interested in the "exceptions" system as
discussed in the Bio::Phylo::Util::Exceptions manpage. In addition, you may
find the logging system in the Bio::Phylo::Util::Logger manpage of use to
localize problems.

Alternatives

Package Version Architecture Repository
perl-Bio-Phylo-2.0.1-2.mga7.noarch.rpm 2.0.1 noarch Mageia Core
perl-Bio-Phylo - - -

Requires

Name Value
perl(Attribute::Handlers) -
perl(Carp) -
perl(Config) -
perl(Data::Dumper) -
perl(Exporter) -
perl(File::Spec::Unix) -
perl(File::Temp) -
perl(IO::File) -
perl(IO::Handle) -
perl(List::Util) -
perl(Math::CDF) -
perl(POSIX) -
perl(Scalar::Util) -
perl(Term::ANSIColor) -
perl(XML::LibXML::Document) -
perl(XML::LibXML::Element) -
perl(XML::Twig) -
perl(XML::Twig::Elt) -
perl(XML::XML2JSON) -
perl(attributes) -
perl(base) -
perl(constant) -
perl(overload) -
perl(strict) -
perl(utf8) -
perl(version) >= 0.770.0
perl(warnings) -
perl-base >= 5.28.0

Provides

Name Value
perl(Bio::Phylo) -
perl(Bio::Phylo::EvolutionaryModels) -
perl(Bio::Phylo::Factory) -
perl(Bio::Phylo::Forest) -
perl(Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole) -
perl(Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole) -
perl(Bio::Phylo::Forest::Node) -
perl(Bio::Phylo::Forest::NodeRole) -
perl(Bio::Phylo::Forest::Tree) -
perl(Bio::Phylo::Forest::TreeRole) -
perl(Bio::Phylo::Generator) -
perl(Bio::Phylo::IO) -
perl(Bio::Phylo::Identifiable) -
perl(Bio::Phylo::Listable) -
perl(Bio::Phylo::ListableRole) -
perl(Bio::Phylo::Matrices) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Character) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Characters) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Datum) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::DatumRole) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::Matrix) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole) -
perl(Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData) -
perl(Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Binary) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::F81) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::GTR) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::HKY85) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::JC69) -
perl(Bio::Phylo::Models::Substitution::Dna::K80) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::Entities) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::Meta) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::Writable) -
perl(Bio::Phylo::NeXML::XML2JSON) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Abstract) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Adjacency) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Cdao) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Dwca) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Fasta) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Fastq) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Figtree) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Json) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Newick) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Nexml) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Nexus) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Nhx) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Phylip) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Table) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Taxlist) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Tnrs) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Tolweb) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa) -
perl(Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Client) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Resource) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank) -
perl(Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank) -
perl(Bio::Phylo::Project) -
perl(Bio::Phylo::Set) -
perl(Bio::Phylo::Taxa) -
perl(Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker) -
perl(Bio::Phylo::Taxa::Taxon) -
perl(Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Gif) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Png) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Processing) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Svg) -
perl(Bio::Phylo::Treedrawer::Swf) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Abstract) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Cdao) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Fasta) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Figtree) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Html) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Json) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Mrp) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Newick) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nexml) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nexus) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nhx) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Nwmsrdf) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Pagel) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Phylip) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Rss1) -
perl(Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist) -
perl(Bio::Phylo::Util::CONSTANT) -
perl(Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int) -
perl(Bio::Phylo::Util::Dependency) -
perl(Bio::Phylo::Util::Exceptions) -
perl(Bio::Phylo::Util::IDPool) -
perl(Bio::Phylo::Util::Logger) -
perl(Bio::Phylo::Util::MOP) -
perl(Bio::Phylo::Util::Math) -
perl(Bio::Phylo::Util::OptionalInterface) -
perl(Bio::Phylo::Util::StackTrace) -
perl(Bio::PhyloRole) -
perl-Bio-Phylo = 2.0.1-2.mga7

Download

Type URL
Mirror distrib-coffee.ipsl.jussieu.fr
Binary Package perl-Bio-Phylo-2.0.1-2.mga7.noarch.rpm
Source Package perl-Bio-Phylo-2.0.1-2.mga7.src.rpm

Install Howto

  1. Enable the repository in Software Management
  2. Install perl-Bio-Phylo rpm package:
    # dnf --refresh install perl-Bio-Phylo

Files

Path
/usr/share/doc/perl-Bio-Phylo/COPYING
/usr/share/doc/perl-Bio-Phylo/LICENSE
/usr/share/doc/perl-Bio-Phylo/META.json
/usr/share/doc/perl-Bio-Phylo/META.yml
/usr/share/doc/perl-Bio-Phylo/MYMETA.yml
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Factory.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest::Node.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest::Tree.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Generator.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::IO.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Identifiable.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Listable.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::ListableRole.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Manual.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Character.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Characters.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3pm.xz
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/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::Datum.3pm.xz
/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3pm.xz
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/usr/share/man/man3/Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3pm.xz
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Parsers/Adjacency.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Parsers/Ubiometa.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Taxa/TaxonLinker.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Adjacency.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Cdao.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Fasta.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Figtree.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Json.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Newick.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Nexml.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Nexus.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Nwmsrdf.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Pagel.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Phylip.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Phyloxml.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Unparsers/Taxlist.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm
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/usr/share/perl5/vendor_perl/Bio/Phylo/Util/CONSTANT/Int.pm

Changelog

2018-09-20 - umeabot <umeabot> 2.0.1-2.mga7
(not released yet)
+ Revision: 1281844
- Mageia 7 Mass Rebuild
2017-12-10 - shlomif <shlomif> 2.0.1-1.mga7
+ Revision: 1181957
- update to v2.0.1
2016-06-18 - pterjan <pterjan> 0.580.0-6.mga6
+ Revision: 1022741
- Rebuild for perl 5.22.2
2016-02-08 - umeabot <umeabot> 0.580.0-5.mga6
+ Revision: 949128
- Mageia 6 Mass Rebuild

See Also

Package Description
perl-Bio-SeqReader-0.1.3-9.mga7.noarch.rpm Class providing methods for representing header,
perl-Bio-Variation-0.0.0-1.mga7.noarch.rpm Instantiates a new Bio::ClusterI (or derived class) through a factory
perl-BioPerl-1.7.5-2.mga7.noarch.rpm BioPerl core modules
perl-BioPerl-Run-1.7.3-1.mga7.noarch.rpm BioPerl wrappers for external programs
perl-Bit-Vector-7.400.0-10.mga7.i586.rpm Bit-Vector module for perl
perl-Boost-Geometry-Utils-0.150.0-15.mga7.i586.rpm Bindings for the Boost Geometry library
perl-Bot-BasicBot-0.930.0-2.mga7.noarch.rpm A simple IRC bot base class
perl-Browser-Open-0.40.0-8.mga7.noarch.rpm Open a browser in a given URL
perl-Business-CreditCard-0.360.0-2.mga7.noarch.rpm Credit card number check digit test
perl-Business-Hours-0.130.0-1.mga7.noarch.rpm Calculate business hours in a time period
perl-Business-ISBN-3.4.0-2.mga7.noarch.rpm Work with International Standard Book Numbers
perl-Business-ISBN-Data-20140910.3.0-3.mga7.noarch.rpm Data pack for Business::ISBN
perl-Bytes-Random-Secure-0.290.0-4.mga7.noarch.rpm Cryptographically suitable random bytes
perl-C-Analyzer-0.20.0-8.mga7.noarch.rpm Generates C Call Control Flow tree for C source code
perl-CACertOrg-CA-20110724.4.0-6.mga7.noarch.rpm CACert.org's CA root certificate in PEM format
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